WGS kirjastokitit

Hankinnan kohteena ovat sekä erilaisten mikrobien kokogenomisekvensoinnissa, amplikonisekvensoinnissa että metagenomiikkasekvensoinnissa käytettävät kirjastokitit Terveyden ja hyvinvoinnin laitokselle (THL). Hankinta on jaettu kahteen (2) osa-alueeseen seuraavasti: Osa-alue 1: Virusten kokogenomisekvensointiin (WGS) sopivat kirjastokitit Osa-alue 2: Bakteerien kokogenomisekvensointiin (WGS) sopivat kirjastokitit Hankinnan kohde on kuvattu tarkemmin tässä tarjouspyynnössä ja sen liitteissä. Tarjoaja voi tarjota vain yhtä tai molempia osa-alueita. Kumpaankin osa-alueeseen valitaan yksi (1) toimittaja. Valintaperusteena on kokonaistaloudellinen edullisuus, jonka perusteena on paras hinta-laatusuhde. Sopimuskausi on voimassa määräaikaisena kaksi (2) vuotta, jonka jälkeen sopimus jatkuu toistaiseksi voimassaolevana. Tarjouspyyntö sisältää seuraavat liitteet: Liite 1 Jyse 2014 Tavarat (päivitetty versio, huhtikuu 2022) Liite 2a Osa 1 Virusten WGS Prosessikuvaus Liite 2b Osa 1 Virusten WGS Testin suorittaminen Liite 2c Osa 1 Virusten WGS Testin pisteytys Liite 3a Osa 2 Bakteerien testattavat kannat ja ohjelmistot Liite 3b Osa 2 Bakteerien WGS Prosessikuvaus Liite 3c Osa 2 Bakteerien WGS Testin suorittaminen Liite 3d Osa 2 Bakteerien WGS Testin pisteytys Liite 4 Handi-palvelun kuvaus Liite 5 Sopimusluonnos, Osa-alue 1: Virusten kokogenomisekvensointiin (WGS) sopivat kirjastokitit THL:n virologian laboratoriossa sekvensoidaan virusgenomeja sekä seuranta- että valmiustoiminnan puitteissa. Potilas- ja jätevesinäytteiden luonteesta johtuen näytteiden viruspitoisuus voi olla pieni ja virusgenomit osittain degeneroituneita. Virusten sekvensoinnissa käytettävät kirjastokitit sisältävät kitit, jotka soveltuvat amplikoni ja metagenomiikkasekvensointiin. Reagenssikitin tulee soveltua virusten WGS prosessikuvaukseen (liite 2a). Nykyinen analyysimäärä on noin 2 400 näytettä/vuosi. Kulutus on tällä hetkellä laskusuuntainen, mutta se saattaa poikkeustilanteissa nousta merkittävästi., Osa-alue 2: Bakteerien kokogenomisekvensointiin (WGS) sopivat kirjastokitit Näitä kittejä tullaan käyttämään THL:n Asiantuntijamikrobiologian yksikössä bakteriologian tiimissä, bakteerien seuranta- ja epidemiaselvitystyössä käytettäviin kokogenomisekvensointiin perustuviin analyyseihin. Tämä työ on monella bakteerilajilla akkreditoitua, joten reagensseilla tehtävän työn pitää täyttää kullekin bakteerilajille esitetyt laatuvaatimukset ja reagenssikitin tulee soveltua WGS prosessikuvaukseen (liite 3b). Arvio hankittavasta määrästä on noin 1000 näytettä/vuosi.,